作画に関しても『序』では大半がTVシリーズから原画、タイムシート等の素材を使用していたのに対し、『破』では全編にわたって新規に描き下ろされている部分が多い。そのため『序』では「リビルド」を強調していたのに対し、本作ではあまり使われていない。

ストーリー

第3使徒戦と第7使徒戦
北極のネルフ施設（ベタニアベース）でのエヴァンゲリオン仮設5号機（搭乗者：真希波・マリ・イラストリアス）と、第3使徒との戦闘ではじまる。このとき、加持リョウジも同施設におり、出撃前のマリと無線で会話している。仮設5号機は、脚や片腕を失いつつも第3使徒を殲滅するが、使徒のコアを破壊した直後に（マリを脱出させた上で）自爆する。加持はこれを確認して『自爆プログラムはうまく作動してくれた』と、また来日後にゲンドウらに対して『懸案の第3の使徒と仮設5号機は処理した』と発言している。

第8使徒戦まで
アスカも、シンジと同じくミサトの家に同居、同じ中学校に通うことになる。そんな中、加持の勧めでシンジ・綾波レイ・アスカ・鈴原トウジ・相田ケンスケの5人（とペンペン）は、日本海洋生態系保存研究機構を見学に訪れる。そこではセカンドインパクトの影響で生物の住めなくなった赤い海を元に戻す研究が行われており、セカンドインパクト以前の生物（魚やペンギンなど）を見ることができた。昼食はシンジが作ったものを皆で食べ、肉料理が嫌いなレイも味噌汁だけ口にする。

第9使徒戦まで
アメリカのネルフ第2支部で試験中のエヴァンゲリオン4号機が支部を巻き添えに消滅したことを受けて、同じくアメリカで開発されていた3号機が急遽日本に移送され、バチカン条約（一国が保有するエヴァの数は3機まで）に基づき2号機が凍結されることになった。松代での3号機の起動実験が決定するも、ミサトは誰をパイロットにするか決めかねており、一方で起動実験の日がレイの企画した食事会と重なっていることに気付いたアスカは、3号機のテストパイロットに志願する。それを知ったレイは、アスカへの留守番電話で、長い無言の後に「ありがとう」とだけメッセージを残す。アスカが3号機に乗ることはシンジにも伝えられた。

第10使徒戦
アスカは一命を取り留めたものの、精神汚染が疑われたため隔離される。
マヤは「処置」されてしまわないかと案ずるが、リツコは「貴重なサンプル体」であるとしてそれを否定する。
第9使徒（3号機）を破壊した後、シンジは初号機の回収を拒み、ネルフ本部の上に登って抗議、建物を踏みつけて一部を破壊するが、ゲンドウの命令によりLCLの圧縮濃度を限界まで上げられ、意識を失った。その後ゲンドウに呼び出されたシンジはパイロットを辞めることを望み、ミサトの家を出る。シンジはモノレールに乗るが、第3新東京市に新たな使徒が現れたため途中で運転が中止され、ジオフロント内のシェルターへと避難する。

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プレイヤーは1年間、エヴァンゲリオンパイロットである綾波やアスカの保護監督主任となって、教育や生活指導をしていく。接し方ひとつで彼女たちはさまざまに反応し、パイロットとして成長していく。日々の育成と会話、そして次々と襲い来る「使徒」との戦いの日々を過ごし、1年後にどんな結末を迎えるかはプレイヤー次第。来たるべき「約束の時」までに、自らの望んだ世界を創造するのか、それともアニメと同じ展開を再現するのかはプレイヤーの自由だ。

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第三新東京市に謎の殺人鬼「死徒」出現。ネルフ特命捜査官碇シンジとなって、その謎に挑め。物語は完全オリジナルで、アニメとはアナザーの世界で展開。プレイヤーは謎の殺人鬼「死徒」の犯罪を阻止するべく捜査を行う。会話の中からキーワード・アイテムを集めて使用し、事件の解決を目指そう。主人公碇シンジのライバルとして渚カオルが登場。その専用機として新型エヴァンゲリオン乙型が新たに登場する。ゲーム独自の設定以外にも、エヴァ独自の持ち味も随所に反映させており、声優はアニメ版と同じキャストに収録。また戦闘アクション以外にも、ボーリングゲームやリズムゲームも用意されている。
　プレミアムBOX版には、オリジナル設定資料集のほか、特製腕時計が同梱されている。